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1996年，农业部命名成立"农业部家蚕生物技术重点开放实验室"。

2001年，与华东船舶工业学院（现江苏科技大学）合并。合并后，实行省部共建以江苏省为主的管理体制，继续保留中国农业科学院蚕业研究所独立法人地位（副厅级）。

2011年，农业部家蚕生物技术重点开放实验室更名为农业部蚕桑遗传改良重点实验室。

2014年1月，江苏科技大学生物技术学院与中国农业科学院蚕业研究所进行融合，实行蚕业研究所与生物技术学院统一管理。